在宅勤務手当は非課税

国税庁は、企業が従業員に在宅勤務手当を支給した場合、一定の条件を満たせば課税する必要はないとしている。

在宅勤務に通常必要な費用について、実費相当額を精算する方法により支給する金銭については、従業員に対する
給与として課税する必要はない。
しかし、毎月5,000円を「渡切り」で支給するなど、在宅勤務に通常必要な費用として使用しなかった場合でも
企業に返還する必要が無い場合は、課税対象となる。

詳細は国税庁HPの以下のページをご確認下さい。
[在宅勤務に係る費用負担等に関するFAQ（源泉所得税関係）]
https://www.nta.go.jp/publication/pamph/pdf/0020012-080.pdf